「一念三千」者，即是在我們當下的一念心之中，就已經具足了宇宙三千世間的諸法性相的意思。此套理論是智者大師對宇宙構造的見解，在他晚年講說《摩訶止觀》時所組織出來。
智者大師提出以「三千」來代表整個宇宙的領域。這個「三千」的提出並非是毫無根據的。他分別依據三部經論，以三個步驟來建立這套「一念三千」的架構。首先，他依《華嚴經》十地品的「十法界」的說法發揮成「十界互具」的理論，而成「百界」之說；然後依《法華經》方便品的「十如是」，說明每一界的種種存在方式，由此而成「百界千如」；再加上《大智度論》卷四十七的「三世間」觀念，因而組織成了「三千世間」的論說，此三千世間在我們平常的一念心之中，已經具足，所以稱為「一念三千」。現在分別詳細說明如下：
一．十界互具
智者大師從人本的觀念出發，認為眾生由於心靈的迷悟程度不同，因而分為十個階層，稱之為「十法界」。其中最上的四界為佛、菩薩、緣覺、聲聞，合稱之為「四聖」；下面六界則分別為天、人、阿修羅、畜生、餓鬼、地獄等，合稱為「六凡」。四聖六凡合起來便是「十界」。
此十界中之眾生更由於心念的升降，因此每一界都會通於其餘的九界。即是說隨著眾生心念的不同，在主觀的心靈上便會顯現不同的境界，因而便會與十界其中一界相應。例如：
若心充滿困苦者，即與地獄相應；若心充滿貪欲者，即與餓鬼相應；若心充滿愚痴，即與畜生相應；若心充滿鬥爭驕慢，即與阿修羅相應；若心充滿人倫道德者，即與人間相應；若心充滿禪定喜樂，即與天界相應；若心精進四諦，即與聲聞相應；若心獨悟十二因緣，即與緣覺相應；若心充滿悲智願行，即與菩薩相應；若心遍於莊嚴法界，即與佛界相應。
如此，每一界的眾生都有通往其他九界的可能，開出來則每一界眾生皆具足十法界，十界的眾生便形成「百界」了。這個「十界互具」的說法一方面表現出從道德價值的由下而上的修道歷程，另一方面亦表現出十界互攝的圓融無礙的意義。
二．十如是
智者根據《法華經》方便品中佛對舍利弗所說之「十如是」，來說明現象世界的根本存在情形。現象界的所有存在都有其根本的依據。這個依據便稱之為「如是」，依據有十種，故稱為「十如是」：
(1) 如是相 ──「相」指相狀、形相，能在外部可以分辨得到的。
(2) 如是性 ──「性」指各自內在所包含的性質。
(3) 如是體 ──「體」是實質義，乃相與性之所依。
(4) 如是力 ──「力」指功能，乃潛存的力量。
(5) 如是作 ──「作」是作用行為，是依力所起的作用。
(6) 如是因 ──「因」是招果的主要、直接原因。
(7) 如是緣 ──「緣」是指間接、次要的輔助條件。
(8) 如是果 ──「果」指由主因加上助緣而得直接後果。
(9) 如是報 ──「報」指果之延續，或可說是間接後果。
(10) 如是本末究竟等 ── 此指以上九者之全部過程，乃是不可分割，究竟平等的。
以上「十如是」是說明了現象世界中，每一種事物存在的全體方式分類，而將此十如是配之於「百界」，則每一界皆具此十如是，於是成為「百界千如」的論說。
三．三世間
智者大師依《大智度論》卷四十七所說：「世間有三種：一者五陰世間，二者眾生世間，三者國土世間。」因此將這三世間的觀念納入在這個架構中。
(1) 五陰世間──以眾生共業之所感，依五陰為元素而構成的世間，亦即是由精神與物質所組成的世界。
(2) 眾生世間──又名「假名世間」，乃依五陰世間之上而成的生命個體，由迷悟不同而成種種不同的差別，出現形形式式的眾生。
(3) 國土世間──亦名「器世間」，這是指不同眾生所依止的不同客觀境界。
比較這三世間，則可知三世間中以五陰世間為世間的基本構造，眾生世間和國土世間則是依靠此五陰世間之上而建立的主觀及客觀的世界。
智者大師認為在我們平常的一念心之中，便具備了「十法界」，而每一法界又各具十法界，因而成為「百界」，百界中每一界中亦各具十如是，於是成為「千如」。百界千如之中又各各具三種世間，因此便成為了「三千世間」。此三千世間在我們平常的一念心中已經具足，因此稱之為「一念三千」。
四、「一念三千」論說的意義
「一念三千」其實具有深長的意義，它在一方面顯示出主客的互相融攝無礙，一念與三千是互相交遍，不可分割的。心與法皆是同一的存在，由此取消了主觀心靈與客觀世界的對立和距離。每一世間皆可通往其他世間，因此形成一種交遍圓融的狀態。另一方面則顯示出主體在任何的境界中，皆可通往其他境界，因此修行的主體有絕對的自由，念念之間可升可降，可凡可聖。凡夫可入聖位，聖人亦可入凡夫位，由此應生起警惕及鼓勵作用，使在每一念心之中均精進不息，毫不懈怠，不斷向上邁進。更重要的地方，就是如何能夠使心念保持升而不降、念念相續向上呢？這就發展出重視實踐修行的止觀方法論，成為天台宗實踐的根據。
智者把當前的一念心所對的境界由一點而化為三千世間，而三千世間亦聚於一念心，進而再反觀此一念心亦非實在，即空即假即中，於是將觀察的方向轉為觀心，由觀心釋、觀心行乃至於觀心解脫，開出了龐大的止觀理論系統。
